La historia tiene lugar en el año 2034, dos años después de los acontecimientos de *Ghost in the Shell: S.A.C. 2nd GIG*. La mayor Motoko Kusanagi, una mujer cyborg, ha abandonado la Sección 9 de Seguridad Pública, una unidad de élite antiterrorista y anticrimen especializada en guerra cibernética, que se ha ampliado hasta convertirse en un equipo de 20 agentes de campo con Togusa como jefe de operaciones sobre el terreno.