En el futuro, se podrá alcanzar la inmortalidad obteniendo un cuerpo mecanizado. Tetsuro, un joven huérfano, se sube al tren espacial Galaxy Express 999 con la esperanza de conseguir un cuerpo de ciborg para vengar la muerte de su madre. Por el camino, conoce a Maetel, que es la viva imagen de su difunta madre.