Cuando Cobra desarrolla un arma biológica secreta en su base secreta de la isla, se recurre a los G.I. Joe para detenerlos. Se lleva a cabo una audaz invasión en la que Snake-Eyes se enfrenta a Storm Shadow, su viejo enemigo. Pero los Joe descubren que Cobra es una serpiente escurridiza cuando no consiguen hacerse con el arma biológica.