El comando de élite G.I. Joe debe enfrentarse a un nuevo y poderoso enemigo, la sociedad llamada Cobra-La. Esta organización intenta arrebatar la Tierra a aquellos que los relegaron a vivir al subsuelo. El líder de Cobra-La, Golobulus, tiene como primer gran objetivo el robo de un revolucionario transmisor de energía que el comando G.I. Joe ha diseñado.