Allegra Geller, la mejor diseñadora de vídeojuegos del mundo, está testando con un grupo de personas su nuevo juego de realidad virtual, eXistenZ. Cuando comienza la prueba, es atacada por un fanático con una pistola orgánica, lo que la obliga a huir con uno de sus asistentes, Ted. La consola en la que se guarda la única copia del juego resulta dañada, por lo que Allegra y Ted deberán conectarse a ella para hallar cómo pueden haber afectado estos daños al juego.