En una celda de la Casa de Detenciones de Sao Paulo, mejor conocida por Carandiru, dos presos (Lula y Dagger) tienen una cuenta que saldar. La atmósfera es tensa. Otro preso, Negro, "juez" autoproclamado por mediar en disputas entre prisioneros, resuelve el caso a tiempo de dar la bienvenida al nuevo Doctor, encargado de comenzar un programa de prevención del SIDA en la penitenciaría.
El Doctor se enfrenta con los muchos serios problemas que tiene la cárcel más grande de Latinoamérica: celdas superpobladas, instalaciones decadentes, enfermedades como la TB, leptospirosis, cachexia, y los comienzos de una epidemia de SIDA. Los presos no tienen acceso ni a cuidados médicos ni a asistencia legal. Carandiru, que alberga más de siete mil prisioneros, es un gran desafío para el recién llegado. Pero tras trabajar allí durante unos meses descubre algo que le transformará: los reclusos, incluso en esta detestable situación, no son figuras demoníacas. En el contacto diario con los prisioneros en su improvisada oficina, el Doctor es testigo de la solidaridad, organización y, sobre todo, las inmensas ganas de vivir.