Una organización secreta ha sido designada para limpiar el mundo de vampiros. Entre sus agentes se encuentra la mejor cazadora, Saya. Ella ha sido escogida para llevar a cabo una peligrosa misión: infiltrarse en un colegio cercano a una base militar estadounidense en Japón, e investigar si las misteriosas muertes ocurridas recientemente tienen relación con los vampiros.