Ambientada en Akihabara, la meca de los otaku de Tokio, «Akihabara@DEEP» narra la historia de cinco otaku que se marginan de la sociedad y acaban fundando su propia y exitosa empresa de tecnologías de la información llamada Crook. Pero Nakagomi, presidente de una influyente empresa de electrónica llamada Digital Capital, está dispuesto a todo para hacerse con el control de Crook.