La serie cuenta la historia de Clark Kent (Tom Welling), en plena adolescencia. Sin gafas y sin saber volar, el joven Kent vive su vida de estudiante en un pequeño pueblo llamado Smallville, en el estado de Kansas. A lo largo de la serie, el joven Kent descubrirá poco a poco que posee características que le diferencian del resto, pequeños detalles y situaciones que terminarán por convertirle en el hombre que está destinado a ser.
También vemos a Lex Luthor (Michael Rosenbaum), que aún no se ha vuelto un malvado y desalmado villano, pero que cambiará hasta convertirse en el hombre cruel que conocemos por las películas y los cómics.
La serie se enfoca en la relación de Clark con Lana Lang (Kristin Kreuk), la cual poco a poco se va perdiendo, y también aparece Lois Lane (Erica Durance) de quien Clark se ira enamorando poco a poco, y quien será su verdadero amor.