Pinky y Brain son ratones de laboratorio genéticamente modificados que viven en una jaula en el centro de investigación de Acme Labs. Brain es egocéntrico e intrigante; Pinky es bondadoso, pero un poco tonto. En cada episodio, Brain idea un nuevo plan para conquistar el mundo, que acaba fracasando, normalmente debido a la estupidez de Pinky, a la inviabilidad del plan de Brain, a la propia arrogancia de Brain o, simplemente, a circunstancias que escapan a su control.