Hace treinta años, unos extraterrestres atacaron la Tierra y estuvieron a punto de llevar a la humanidad a la extinción. Desde entonces, la humanidad ha luchado por sobrevivir, enfrentándose a los invasores por el control del territorio, y la ONU creó EXCEEDS, una agencia destinada a repeler las amenazas extraterrestres. En una isla remota, en un mundo sumido en el caos, la joven cazadora Shiina anhela una vida tranquila junto a su hermana, Setsuna, pero un simple incidente la arrastra a una batalla de mayor envergadura.