Un fenómeno conocido como «La Fusión» ha provocado que muchos reinos legendarios se hayan unido de repente en uno solo, pero su unión es inestable. Un maestro ninja de Spinjitzu debe entrenar a una nueva generación de héroes para que ayuden a encontrar a los dragones elementales capaces de salvar el planeta antes de que las fuerzas del mal utilicen esa misma energía de los dragones para destruir este nuevo mundo.