La era Meiji supuso una gran renovación para Japón, donde se prohibieron las espadas y los asesinatos. Sin embargo, aún viven muchos supervivientes de la época de la Revolución, que acechan en las sombras y esperan la oportunidad de volver a empuñar sus espadas asesinas. Solo Kenshin Himura, que en su día fue uno de los asesinos más brutales, espera conservar su honor como espadachín y seguir viviendo en la nueva era.