Kamui es un ninja del periodo Edo que ha decidido abandonar su clan. Tras hacerlo, es perseguido sin tregua por los miembros de su antiguo clan, que lo consideran un traidor y, por ello, quieren matarlo. Kamui recorre entonces Japón para escapar de ellos, valiéndose de su inteligencia y sus grandes habilidades para sobrevivir. A lo largo de la serie, Kamui empieza a sufrir paranoia debido a su condición de hombre perseguido. Kamui comenzó entonces a creer que todo el mundo quería matarlo y pasó a desconfiar de todas las personas con las que se cruzaba.