'Expediente X' narra las investigaciones de dos agentes del FBI que se encargan de los denominados expedientes X, casos sin resolver y sin explicación alguna salvo por teorías paranormales o divagaciones de vida extraterrestre. Fox Mulder, licenciado en Oxford y con una gran reputación como criminalista, cree que resolviendo los expedientes X puede resolver también el caso de la desaparición de su hermana cuando él era pequeño, por sus convicciones se ganó el apodo de "siniestro" dentro del departamento, y el propio FBI pretendió desacreditarlo asignándole como compañera a Dana Scully, licenciada en medicina y especializada en patología forense. Scully era lo opuesto a Mulder, pese a ser creyente católica sus convicciones se rigen siempre por la explicación científica.