En una libre adaptación de la serie de televisión «Revolutionary Girl Utena», Utena Tenjou llega a la Academia Ohtori, donde enseguida se ve envuelta en una serie de duelos por la mano de su compañera de clase Anthy Himemiya y el poder que, al parecer, esta posee. Al mismo tiempo, Utena se reencuentra con Touga Kiryuu, un amigo de la infancia que parece conocer los secretos que se esconden tras los duelos. Utena debe descubrir esos secretos por sí misma, antes de que el poder que gobierna Ohtori se apodere de ella y de sus amigos, tanto los nuevos como los de siempre.