Mystery Inc. deja de dedicarse a resolver crímenes tras estropear un caso. Cuando Vincent Van Ghoul se pone en contacto con la pandilla para hablarles de una investigación inconclusa del pasado de Daphne, Shaggy y Scooby, la pandilla se pone manos a la obra para terminar el trabajo, que consiste en atrapar al decimotercer fantasma que escapó del Baúl de los Demonios y que sigue en libertad.