Un peligroso científico nazi ha establecido su base en la ciudad perdida de la Atlantida para desarrollar sin contratiempos una bomba nuclear con la que destruir la civilización y que así el Tercer Reich pueda restablecerse. El tiempo que queda para frenar a este peligroso enemigo es muy poco. Santo recibirá la misión para hallar la bomba, desarmarla y cortar de raíz el plan del científico nazi.
Por si todo esto no fuese ya bastante problema, Santo se encontrará con otra oposición: la de Blue Demon.