Los guerreros secretos del Japón feudal eran los ninja. Enviados a misiones imposibles, los ninja estaban entrenados para actuar en las sombras, recabar información y derrotar al enemigo con el fin de construir un mundo en paz. Akakage, Aokage y Asuka son ninjas novatos bajo la tutela de Shirokage. Su vida es una sucesión de misiones peligrosas que conllevan intrigas, engaños e intimidaciones.