En un futuro cercano la Unión Inter-Planetaria, establecida por las diferentes naciones, fundó La Academia Cosmo, el centro de enseñanza más importante de la Galaxia. Esta academia se encarga de educar a los pilotos espaciales de la nueva era. Una de las citas más importantes es el examen de admisión que se celebra cada 3 años. Muchos estudiantes de todos los planetas se presentan.
Dadatos Lain de la Tierra consigue llegar a la última fase del examen después de pasar enormes y dificiles pruebas. Su sueño es convertirse en el mejor piloto espacial del Universo. La última prueba consiste en permanecer sano y salvo durante 53 días en una nave espacial. Pero algo extraño ha sucedido. Normalmente los grupos suelen ser de 10 pasajeros. Pero en esta nave llamada "La Esperanza" hay 11 tripulantes, ¿Quién es el 11º pasajero?