Después de que Madoka reescriba el universo, Homura vive en un mundo donde ya no nacen brujas, pero la desesperación se manifiesta en forma de criaturas conocidas como Pesadillas, contra las que las chicas mágicas continúan luchando. Mientras Homura sigue sintiendo la soledad que le ha invadido tras separarse de Madoka, algo misterioso sucede: Madoka, que no debería existir en este mundo, y Sayaka, que desapareció tras agotar su poder mágico, aparecen de repente. Tras esto se oculta una nueva chica mágica llamada Nagisa Momoe, que comenzará una nueva lucha por la existencia de Dios.