La historia de la película habla sobre un legendario pirata llamado Shiki "El León Dorado", el cual logra escapar de la prisión de piratas de Impel Down. Shiki se oculta en la Isla Meruviyu en donde decide poner en práctica su plan, con la ayuda del Dr. Indigo, para traer el infierno sobre la Tierra. Shiki cae en un enfrentamiento con la tripulación de la Banda del Sombrero de Paja y secuestra a Nami, por lo que Luffy y sus compañeros se embarcan en una búsqueda frenética para rescatar a Nami e impedir que Shiki se haga con el control del mundo.