El planeta se enfrenta a una gran amenaza. Coincidiendo con una gran sequía, un grupo de malhechores se propone eliminar las reservas de agua que quedan en la tierra. Los mejores agentes secretos del mundo se reúnen urgentemente, pero no cuentan con ninguna pista. Para empeorar las cosas, el malvado Botijola planea atentar contra esa reunión, para acabar así con todos los agentes. Su intención es convertir la bebida que lleva su nombre en el sustituto del agua. Para ello, intentará también secuestrar al profesor Bacterio.
Sin embargo, hay dos cosas con las que Botijola no contaba. Por un lado, Bacterio, antes de ser secuestrado, escondió las piezas de su invento en distintos momentos históricos, utilizando la máquina del tiempo. Por otro, hay dos de los agentes internacionales que no han acudido a la reunión saboteada, ellos van a convertirse en la única esperanza del mundo. Mortadelo y Filemón, tendrán que dejar de lado sus disputas para volver de nuevo a la acción, con la inestimable ayuda de Ofelia y siguiendo los designios del Súper.