Misterios de Lisboa nos sumerge en un auténtico remolino de aventuras y escapadas, coincidencias y revelaciones, sentimientos y pasiones violentas, venganza, aventuras amorosas, todo envuelto en un viaje rapsódico que nos lleva de Portugal a Francia, Italia, y hasta Brasil.
En esta Lisboa de intriga y de identidades ocultas nos encontramos con una serie de personajes, todos ellos conectados de alguna manera con el destino de Pedro da Silva, huérfano que está en un internado. El padre Dinis, un descendiente de libertinos aristocráticos que luego se convierte en un héroe defensor de la justicia; una condesa enloquecida por los celos y sedienta de venganza; un próspero hombre de negocios que misteriosamente hizo fortuna como pirata sanguinario; estos y muchos más personajes se entrecruzan en una historia situada en el siglo XIX, todos en busca de la verdadera identidad de nuestro personaje principal.