En Escocia, 1865, un viejo pastor y su pequeño terrier Skye viajan a Edimburgo. Cuando el pastor muere de neumonía, el perro permanece fiel a su dueño, se niega a ser adoptado por alguien más y duerme junto a la tumba de su amo en el cementerio Greyfriars, a pesar de que un cuidador prohíbe la entrada de perros. Cuando finalmente arrestan a Bobby por no estar registrado, son los niños de Edimburgo y el Lord Provost quienes deben decidir qué hacer.