Un número incalculable de personas ha desaparecido en Filipinas a lo largo de los años, antes, durante y después de la dictadura de Marcos. Melancholia muestra el dolor y busca el significado de tales desapariciones, contadas a través de una vívida selección de testimonios de la sociedad filipina.
Los puntos de referencia para ese extenso viaje en la enloquecedora persistencia de la tristeza en el mundo, son una prostituta, un proxeneta y una monja que deambulan por el campo.
Julian está revisando en su casa un manuscrito con vistas a su publicación. La desesperación persiste y para aliviarla se une a un curioso grupo de terapia que consiste en arrancar hojas de la Biblia y tragárselas. Mientras, su amiga Alberta irá en busca de la hija perdida de otra amiga, que ha caído en la prostitución.
En las junglas filipinas, Renato y otros rebeldes comunistas se adentran en la espesura intentando esquivar a los soldados. Conforme más se adentran, más problemas tendrán para mantener la cordura y el abastecimiento.