Cuando otro Mega Shark emerge de las profundidades del mar, los ejércitos del mundo se ponen en máxima alerta. El tráfico marítimo se detiene por completo mientras todos viven con el miedo de la insaciable bestia. Sin más opciones, el gobierno de los Estados Unidos activa el proyecto secreto Mecha Shark: un tiburón mecánico diseñado con las mismas características exactas que Mega. Un par de científicos pilotan la criatura mecánica mientras luchan contra Mega en una intensa batalla para salvar el planeta. Sin embargo, cuando fallos en los sistemas hacen que el Mecha ataque a los humanos, los científicos deben encontrar la manera de guiar a Mega hacia Mecha con la esperanza de que los dos titanes se destruyan mutuamente, o enfrentarse a una destrucción mundial incalculable.