Thomas vive con cierta sensación de irrealidad flotando a su alrededor, por eso acude a la consulta de un psiquiatra con el intenta conciliar este problema y éste le receta unas pastillas azules para sobrellevarlo. Un día le ocurre que saluda a una mujer que le resulta muy familiar, aunque al final se da cuenta que no es capaz de pronunciar su nombre. Todo es realmente extraño.
La fachada de esa realidad empieza a resquebrajarse y Thomas descubre la verdad. Él es Neo. Matrix se ha recompuesto y deberá buscara a esa mujer desconocida a la que una vez saludó, pues es Trinity, y le ha de ayudar a afrontar esta nueva crisis.