Retomando la historia desde donde la dejó la película anterior, la carrera de Ranka florece mientras que la salud de Sheryl se deteriora rápidamente tras sufrir un colapso durante una actuación en directo. Al mismo tiempo, distintas facciones están maniobrando entre bastidores para controlar a la horda Vajra utilizando las habilidades como cantantes de ambas. Cuando toda la flota de Macross Frontier comienza a librar su guerra final contra los Vajra, Alto finalmente tiene que elegir entre Ranka y Sheryl.