Bajo las calles de Cheesebridge, un lujoso pueblo inglés de la época victoriana que está obsesionado con la riqueza y el queso, viven los Boxtrolls. Los habitantes de la localidad creen que son seres monstruosos y repulsivos que habitan en las alcantarillas y roban sus quesos y sus hijos. En realidad, son un grupo de criaturas bonachonas e inofensivas que llevan cajas de cartón a modo de caparazón, y que han criado como si fuese uno de ellos a un niño humano que fue abandonado por sus padres en la calle. Pero su pacífica existencia se verá amenazada cuando un exterminador de plagas se proponga erradicarles del pueblo para intentar escalar en la sociedad.