María es una joven que busca refugio en una casona tras escapar de una secta de fanáticos religiosos alemanes en Chile. Ahí es acogida por dos cerdos, únicos habitantes del lugar. Como en un sueño, el universo de la casa reacciona a los sentimientos de María. Los animales se transforman lentamente en humanos y la casa en un mundo pesadillesco.
Inspirada en el caso de Colonia Dignidad, La casa lobo aparenta ser un cuento de hadas animado producido por el líder de la secta para adoctrinar a sus seguidores.