La misma noche del asesinato de Abraham Lincoln, unos soldados confederados acuden a Thomas Gates, antepasado del buscador de tesoros Ben Gates, para que les ayude a traducir unas páginas en código del diario de John Wilkes Booth. Cuando Thomas descubre que es la pista para un tesoro oculto, intenta quemar las páginas antes de que los sureños consigan el dinero necesario para prolongar la Guerra de Secesión, pagando su atrevimiento con su vida.
Siglos después Ben Gates y su padre exponen al público la vida heroica de su antepasado, pero un misterioso hombre llamado Mitch Wilkinson aparece refutando su versión. Para ello, muestra una página presuntamente perdida del diario de Booth en donde aparece el nombre de Thomas Gates como parte de los conspiradores contra Lincoln. Convencido de que su tatarabuelo es inocente, Ben y su equipo se ponen en marcha para desentrañar el enigma que guardan las páginas perdidas, encontrar el tesoro de una civilización milenaria y limpiar el nombre de Thomas.