Al frente de una expedición en Alemania, Kougami abre el lugar de descanso de uno de los alquimistas que crearon las Medallas del Núcleo en un esfuerzo por recuperar un conjunto de Medallas perdidas. Sin embargo, al deshacer el sello, millones de Medallas del Núcleo estallan en una torre y crean una barrera mágica que hace que partes de Japón se vuelquen. Mientras la alquimista revela sus planes para convertirse en un nuevo OOO, Eiji y sus amigos se ven arrojados al pasado y deben encontrar el camino de vuelta a casa y detener a la alquimista antes de que destruya el mundo.