El pequeño Jimmy Neutron es un genio frente a su grupo, pero se siente más cómodo en un segundo plano. Un día los alienígenas raptan a todos los padres de todos los niños en la Tierra, y tiene que dirigir a todos los niños del mundo en una misión de rescate. Con el nuevo valor encontrado y la nave que inventa rápidamente se convierte en el niño más audaz del planeta.