Durante mucho tiempo, el homúnculo tuvo que esconderse de sus perseguidores. Pero ahora vuelve a mezclarse con la humanidad, sembrando discordia, conflicto y muerte. Un día, encuentra a una joven huérfana y decide llevarla con los padres de Rudolf, un pastor. Su objetivo es unir a ambos para crear una nueva raza humana. Con este fin, secuestra a la joven y la lleva a una isla desierta. Sin embargo, el plan fracasa cuando Rudolf, al descubrir la verdadera identidad del homúnculo, intenta matarlo. En venganza, el homúnculo destruye toda la isla, llevándose con ella a la joven pareja. Su hasta entonces leal compañero, Edgar Rodin, horrorizado por este acto, renuncia a él y lo amenaza de muerte.