En un periodo Edo alternativo en el que Japón ha sido invadido por alienígenas y el Shogun ha prohibido a todos los samuráis el uso de espadas, Gintoki es un soldado de fortuna que busca sobrevivir haciendo cualquier chapuza que se le pida junto con sus dos inseparables amigos Shinpachi y Kagura. Pronto descubrirán que una terrible amenaza se cierne sobre todo el país cuando una mística espada de poder inigualable cae en manos de un hombre con un único objetivo: dominar el mundo.