Tras una misión en Corea del Norte, los G.I. Joes sufren un ataque por parte de su propio gobierno, liderado en secreto por Zartan, que ha suplantado al presidente de los Estados Unidos. El campamento es aniquilado y los pocos Joes que sobreviven (Roadblock, Lady Jaye y Flint) son perseguidos como traidores. Mientras tanto, en la otra punta del mundo, Storm Shadow libera al Comandante Cobra de la prisión en la que estaba encarcelado. Todo parece seguir el plan maligno de esta organización, pero no cuentan con algo: que los Joes, junto a Snake Eyes y Jinx, buscarán por todos los medios pararles los pies.