Un escuadrón de militares de la OTAN, encabezados por Duke Hauser y su compañero Ripcord, deben proteger una nueva arma diseñada por la compañía MARS: cuatro ojivas que contienen un compuesto de nanobots capaces de disolver cualquier sustancia con la que se cruzan y propagarse ilimitadamente hasta que sean desactivados. Pero en el traslado, sufren una emboscada del grupo terrorista COBRA. El ataque es frustrado por los G.I. Joe, una organización secreta internacional compuesta por los mejores hombres de cada casa, pero COBRA consigue hacerse con las ojivas. Los G.I.Joe reclutarán entonces a Duke y Ripcord para intentar detener los maquiavélicos planes de COBRA y salvar al mundo de su amenaza.