Diez años después de la Cuarta Guerra del Santo Grial, un devastador enfrentamiento entre Maestros y Sirvientes, estalla otra guerra. Shirou Emiya, cuyo padre luchó en la primera batalla, llevaba una vida pacífica con la cariñosa Sakura Matou. Pero cuando fuerzas ocultas comienzan a agitarse, Shirou decide cumplir el último deseo de su padre, proteger a Sakura y luchar por el Santo Grial.