Una película muy experimental que presenta una historia fuera de orden cronológico, ambientada 15 años después de una catástrofe casi apocalíptica, sobre cuatro adolescentes de 14 años traumatizados a los que se les encomienda pilotar enormes armas decisivas de forma humanoide llamadas Evangelion, los adultos con trastornos psicológicos que las manejan y dirigen, y los acontecimientos y fuerzas que les afectan o en los que participan mientras se enfrentan a unos invasores hostiles de gran envergadura conocidos como «Ángeles».