En el año 2016 la humanidad se enfrenta a una de las mayores amenazas que el mundo recuerda: los Ángeles, gigantescos seres de las más variadas formas que atacan nuestro planeta sin motivo aparente. Con el objetivo de neutralizarlos, las Naciones Unidas encomendaron a la organización Nerv la creación de unos enormes robots con los que neutralizar la amenaza: los Evangelion. Pero tras conseguirlo, algunos miembros de Nerv han descubierto una conspiración a nivel mundial que implica su propia destrucción. Si Nerv es eliminada, desaparecerá la última esperanza para frenar el Tercer Impacto, el Apocalipsis que traerá la aniquilación a toda la raza humana.