La búsqueda de documentación sobre el mar para un trabajo de escuela hará que la puerta mágica de Doraemon traslade a Nobita, a Shizuka, a Gian y a Sueno a alta mar. Esta vez nuestros amigos embarcan en un inmenso y peculiar barco con la finalidad de conocer de cerca los misterios del mar y en busca de grandes tesoros. Lo que nadie imagina es que una distorsión en la línea del espacio-tiempo los conducirá hasta el siglo XVII en medio de una gran tormenta que les hace naufragar y donde Doraemon pierde su bolsillo mágico. No hay tiempo que perder, nuestros amigos deben encontrar el modo de salir. ¿Lo conseguirán?