Van a celebrarse los juegos Olímpicos en Japón, un evento deportivo que se hace una vez cada cuatro años. Durante este evento se sacará a la luz el primer tren de vacío, capaz de llegar a los 1000km/h.
Pero, durante la celebración de este evento ocurre un secuestro en masa, dejando a Conan solo. Decidido a salvar a sus amigos y a su querida Ran, este pedirá ayuda a Akai.
Por alguna razón, lo que está ocurriendo recuerda a un accidente acontecido hace 15 años en Boston durante el mismo evento deportivo, y que también involucró al FBI. ¿Qué está pasando? ¿Podrá Conan descubrirlo antes de que el tren pueda causar un accidente catastrófico el día de su inauguración?