Cuando el verano acaba y el curso comienza de nuevo, ¡empieza la aventura! Ben, Gwen y el abuelo Max vuelven a la rutina del colegio, dejando atrás las luchas más incréibles durante su viaje en caravana. Pero aparece Eon, un enemigo de Ben que proviene de otra galaxia, y viene a por el Omnitrix para destruir el mundo. Así que, no parece que les espere un curso muy aburrido.