Peter Parker consigue finalmente un equilibrio entre su devoción por Mary Jane y sus deberes como superhéroe. Pero una tormenta amenaza en el horizonte. La carrera de Mary Jane está en crisis, en el periódico hay un nuevo fotógrafo que amenaza con quitarle el puesto, un ahora superpoderoso Harry Osborn clama venganza por la muerte de su padre, y un nuevo villano aparece en la ciudad: Flint Marko, un delincuente que ha mutado en un ser compuesto por arena, y que parece ser el verdadero asesino de Ben Parker. Y por si esto fuera poco, un extraño ente caído en un meteorito se impregna en su traje, dotándole de más poder pero también cambiando peligrosamente su comportamiento. Ahora Peter no sólo deberá luchar contra los enemigos de la paz, sino contra él mismo.