El inteligente y bondadoso Kubo se gana la vida como puede contando historias tan maravillosas como fantásticas a los habitantes de un pueblecito costero entre los que están Hosato, Akihiro y Kameyo. Pero su tranquila existencia cambia de golpe cuando, accidentalmente, llama a un espíritu mítico que regresa de los cielos decidido a llevar a cabo una venganza milenaria.