Se centra en la historia de un asesino de élite que fue creado mediante ingeniería genética para convertirse en la máquina de matar perfecta. Se le conoce por los dos últimos dígitos del código de barras tatuado en su nuca y es la culminación de años de investigación (y cuarenta y seis clones anteriores), que le han dotado de una fuerza, velocidad, resistencia e inteligencia sin precedentes. Su último objetivo es una megacorporación que planea desvelar el secreto de su pasado para crear un ejército de asesinos con poderes que lo superan incluso a él. El Agente 47 se alía con una joven que podría guardar el secreto para superar a sus poderosos rivales mientras afronta increíbles revelaciones acerca de sus orígenes y se prepara para una épica batalla con su enemigo mortal.