La base secreta de Tracy, situada en una isla en el océano Pacífico, es invadida por The Hood con la intención de apoderarse de la flota aérea de los Thunderbirds y utilizarla para sus malvados planes.
Tras enviar a Jeff y a sus cuatro hijos mayores en una misión-trampa, The Hood encuentra una inesperada resistencia en la isla: el menor de los Tracy, Alan, y sus amigos Fermat y Tintin, decididos a superar su primera misión rescate, se aprestan a salvar a la familia Tracy y a toda la organización.