En la conclusión de Matrix Reloaded, Neo (Keanu Reeves) daba otro paso hacia adelante en la búsqueda de la verdad que había empezado con su viaje al mundo real al comienzo de Matrix, pero esa transformación ha agotado su poder, dejándole a la deriva en una tierra de nadie entre Matrix y el Mundo de las Máquinas. Mientras Trinity (Carrie-Anne Moss) vela el cuerpo comatoso de Neo, Morfeo (Laurence Fishburne) se enfrenta a la revelación de que el Elegido, en el que ha invertido toda una vida de fe, no es más que otro sistema de control inventado por los arquitectos de Matrix.