Hace más de 20 años, los alienígenas contactaron por primera vez con la Tierra. Una nave se detuvo sobre Johannesburgo, la capital de Sudáfrica, y permaneció allí. La raza humana esperó un ataque hostil o un gran avance en la tecnología. No ocurrió ninguna de las dos cosas. Los alienígenas eran refugiados, los últimos supervivientes de una nave que había perdido el rumbo desde su planeta originario. Al tiempo que las naciones del mundo intentaban ponerse de acuerdo en lo que tenían que hacer con ellas, las criaturas fueron instaladas de forma temporal en el Distrito 9 de Johannesburgo.
Ahora, la paciencia en cuanto a la situación de los alienígenas se ha agotado. El control sobre los extraterrestres ha sido delegado en la Multi-National United (MNU), una compañía privada a la que no le interesa el bienestar de los alienígenas, sino las formidables ganancias que les podría reportar, en el caso de que pudieran hacerlo funcionar, su impresionante armamento. Hasta el momento no lo han logrado: la activación de las armas requiere ADN alienígena.